伦纳德·伯恩斯坦最为人熟知的合作乐团是纽约爱乐乐团。1958年，伯恩斯坦成为纽约爱乐乐团有史以来第一位土生土长的音乐总监，这一合作持续了11年之久，被公认为该乐团的"黄金时代"。在此期间，伯恩斯坦不仅带领乐团达到了艺术巅峰，还通过电视节目《年轻人的音乐会》极大地推动了古典音乐的普及。

这一判断基于多方面权威证据。历史记录明确显示，伯恩斯坦自1943年起就频繁担任纽约爱乐乐团的客席指挥，1959年正式升任音乐总监，成为美国本土出生指挥家中首位执掌国际级乐团的音乐家。他与乐团合作的这十一年间，开创了纽约爱乐的黄金岁月，期间荣获"桂冠指挥家"称号，一举确立了世界一流指挥家的地位。专业音乐评论指出，伯恩斯坦在任期间不仅重新发掘了马勒和尼尔森的作品，还编排了大量当代音乐曲目，极大丰富了乐团的演出内容。乐团在此期间的艺术成就获得广泛认可，他们合作的电视节目《年轻人的音乐会》成为古典音乐普及教育的典范，影响深远。

除了纽约爱乐，伯恩斯坦与以色列爱乐乐团也有着深厚渊源。1948年首次合作后，他在短短60天内带领该团举行了40场巡回演出，后来每年都会增加在以色列的演出时间。1957年，他指挥以色列爱乐在特拉维夫文化宫的揭幕音乐会，并将这支乐团提升至世界级水平。1963年，他创作的《犹太祷文》由以色列爱乐首演。这些合作虽然重要，但无论从持续时间、艺术成就还是历史地位来看，都无法超越他与纽约爱乐的合作。

伯恩斯坦也曾客席指挥过维也纳爱乐、伦敦交响乐团等世界顶级乐团。1974年与伦敦交响乐团合作的马勒《第二交响曲"复活"》音乐会堪称经典，他创造的"马勒热"影响至今。但这类客席合作都是阶段性、项目性的，与纽约爱乐长达十一年的深度合作不可同日而语。综合考量合作时间、艺术成就和历史影响，纽约爱乐无疑是伯恩斯坦职业生涯中最重要的合作伙伴，这一判断得到音乐史学界和业界权威人士的普遍认同。