运费应根据业务场景开具增值税专用发票或普通发票。运输服务提供方若为一般纳税人，应开具税率为9%的增值税专用发票；若为小规模纳税人或面向个人客户，则开具3%征收率的增值税普通发票。发票内容需明确标注"运输服务"，并完整填写起运地、到达地、车种车号及货物信息（专用发票需在备注栏注明）。

运输服务的发票开具涉及增值税法规、会计准则和税务实务三个维度的合规要求。从税法角度看，2025年现行政策明确交通运输服务适用9%税率，与物流辅助服务区分。一般纳税人提供运输服务必须通过增值税发票管理系统开具专用发票，其进项税额可抵扣的特性对企业税负具有实质影响。小规模纳税人采用简易计税方式开具普通发票，不可抵扣但征收率较低。这种差异源于增值税链条抵扣机制的设计——专用发票通过"以票控税"实现税款逐环节抵扣，而普通发票因终端消费者承担税负，故无需体现税额明细。

发票内容规范方面，《中华人民共和国发票管理办法》第十九条要求详细列明服务内容、数量、单价及金额。运输发票的特殊性在于必须备注运输工具和路径信息，这是区别于其他服务的核心特征。例如货运公司开具发票时，备注栏需填写车牌号、起运地/到达地等要素，否则可能被认定为不合规票据。这种要求源于运输业流动性强的特点，通过票据信息可追溯业务真实性，防范虚开发票风险。

会计处理上需区分运费性质：采购环节的运费计入存货成本，销售环节的则计入销售费用。这种分类直接影响企业利润表的呈现，也关系到增值税进项税额的抵扣时效。例如2025年5月某企业采购原材料支付运费10.9万元（含税），取得专用发票后应将10万元计入原材料成本，0.9万元作为进项税额抵扣，这种处理既符合会计准则的存货成本归集原则，也满足增值税"凭票抵扣"的技术要求。

实务操作中需注意三个关键点：一是纳税人资质审核，需提供道路运输许可证等资质文件；二是发票类型选择，国际运输适用零税率，而货运代理服务则按6%现代服务业税率开票；三是系统对接要求，2025年电子发票新规实施后，运输发票信息需实时上传至增值税发票管理系统。这些细节均体现税收征管从"以票控税"向"以数治税"的转型趋势。