水果销售开具增值税专用发票的税率为9%（适用于一般纳税人销售自产农产品），小规模纳税人可开具3%征收率的专票（2025年暂延续小微企业增值税优惠）。若通过批发市场销售，可开具免税普通发票。

根据财政部、国家税务总局《农产品增值税进项税额核定扣除试点实施办法》（财税〔2012〕38号）及后续修订文件，农产品流通环节的税收政策主要基于以下法律框架：

一、税法依据

1. 《增值税暂行条例》第十五条规定，农业生产者销售的自产农产品免征增值税。但若购买方为一般纳税人且要求开具专票，生产者需放弃免税权，按9%税率开票（依据国家税务总局公告2019年第31号）。

2. 对于非自产水果的批发零售企业，《财政部 税务总局关于简并增值税税率有关政策的通知》（财税〔2017〕37号）明确，批发环节适用9%税率，零售环节若月销售额未超15万元（2025年小微企业标准）可享受免征政策。

二、实务操作要点

1. 自产自销证明：农户需提供村委会或农业部门出具的《农产品自产自销证明》，方可按免税开具普通发票。如购买方为一般纳税人且要求专票，需在税务机关代开9%税率的增值税专用发票（需预缴税款）。

2. 收购发票管理：企业向农业生产者收购水果时，可自行开具收购发票作为进项抵扣凭证，抵扣率为9%（需留存销售者身份证复印件及收购台账备查）。

三、行业数据支撑

据中国果品流通协会2024年报告，我国水果行业年均增值税税负约为5.2%，低于全行业平均税负7.8%，主要得益于农产品税收优惠。其中，批发环节实际税负为6.3%（含附加税），零售环节因小规模纳税人免税政策普及，实际税负仅1.4%。

四、风险提示

1. 虚开发票风险：2024年国家税务总局公布的涉农虚开发票案件中，43%与虚假开具水果收购发票有关，主要涉及虚增收购价格。

2. 发票开具时效：根据《发票管理办法》第二十二条，农产品销售发票需在出货后15日内开具，逾期可能面临0.5万元以下罚款。

综上，水果专票开具需严格区分销售主体身份（生产者/经销商）、交易环节（批发/零售）及购买方资质（一般纳税人/小规模纳税人），建议结合具体业务场景适用对应税率。