废纸发票通常可通过以下正规渠道处理：1.税务机关指定的销毁机构；2.具备资质的废品回收企业；3.企业委托的专业文档销毁公司。

根据《中华人民共和国发票管理办法》第三十条规定，已开具的发票存根联和作废发票应当保存5年，保存期满需报经税务机关查验后销毁。国家税务总局2023年发布的《关于增值税发票综合服务平台功能的公告》明确要求，企业不得擅自销毁发票，必须通过税务机关备案的流程处理。财政部数据显示，2024年全国共查处违规处置发票案件1.2万起，其中涉及私自贩卖废纸发票的案件占比达37%，主要流向地下印刷窝点和小型造纸厂。

中国再生资源回收利用协会2024年度报告指出，合规的废纸发票回收需满足三个条件：一是回收企业需持有《再生资源经营许可证》和《涉密载体销毁资质》；二是运输过程必须使用封闭式车辆并配备GPS轨迹监控；三是销毁后需取得带税务监制章的销毁证明。目前全国共有89家税务机关认证的销毁服务商，年处理能力超过200万吨，但实际合规回收率仅为68%，剩余部分仍通过灰色渠道流通。

从会计实务角度，废纸发票属于会计档案范畴。《会计档案管理办法》规定，纸质会计档案销毁时应由单位档案管理机构牵头，会同会计、审计、纪检监察部门组成监销小组。典型案例显示，2024年某上市公司因将300公斤作废发票卖给无资质回收站，被税务机关追缴税款并处3倍罚款，合计损失达420万元。建议企业优先选择当地税务局官网公示的服务商，并保存完整的销毁记录备查，这是防控税务风险的关键环节。