马云通过创新的合伙人制度和精巧的股权架构设计实现了对阿里巴巴集团的控制权。具体表现为：尽管个人持股比例仅7.4%，但通过合伙人制度获得了超过51%的投票权，这种制度写入公司章程，使合伙人委员会拥有董事提名权，实质上控制了董事会。采用"平衡术、分身术、明星术、动态术"四大手法，包括双市场运营策略和投票权分离协议，例如2005年雅虎注资时约定40%股权仅对应35%投票权。通过有限合伙架构控制蚂蚁集团，以1000万元注册资本云铂公司作为普通合伙人(GP)，间接控制君瀚、君澳两家持股平台51%的蚂蚁集团股权。

这种控制权设计的核心逻辑在于三个方面：法律层面，合伙人制度获得公司章程确认，符合《公司法》赋予的公司自治空间；财务层面，通过分层股权架构实现风险隔离，云铂公司作为GP承担无限责任的马云个人仅承担有限责任；管理层面，独特的孔雀型领导风格与"五心沟通法"形成文化向心力。数据显示，该模式使阿里巴巴连续两个财季净利润超过腾讯，2025财年Q4营收达2364亿元同比增长7%。在蚂蚁集团案例中，通过32名股东构成的复杂架构，马云团队仍控制50.52%的核心股权。这种设计既保障了创始人控制权，又为战略投资者提供了进入通道，例如社保基金等国家队持有9.78%股份。值得注意的是，2024年软银持股从13.9%降至14.2%的过程中，管理层持股稳定在1.8%却未影响控制权，印证了制度设计的有效性。该模式已成为互联网企业公司治理的典型案例，其成功关键在于将法律工具、财务杠杆和管理艺术三者有机结合。