申请烟台特产的地理标志认证主要由烟台市市场监督管理局和烟台市农业农村局负责。具体流程包括提交申请材料、专家评审、公示等环节，最终由国家知识产权局或农业农村部批准注册。

这一分工的合理性主要体现在三个方面：地理标志认证涉及知识产权保护，市场监督管理局作为商标主管部门，承担着地理标志证明商标的注册管理职能。例如“烟台葡萄酒”“烟台海肠”等地理标志证明商标均由该局对接国家知识产权局完成审批。农业农村局负责农产品品质把控和行业标准制定，其下属的绿色食品管理办公室具体经办无公害农产品、名牌农产品的认定工作。《烟台名牌农产品认定管理办法》明确规定该局需组织专家对农产品质量、市场占有率等指标进行评审。两部门建立了协同机制，如《烟台市“十四五”地理标志运用促进工程推进计划》便由双方联合推动，形成从生产规范到品牌保护的全链条管理。

从数据来看，烟台市已拥有国家地理标志保护产品9件、证明商标58件，核准使用专用标志企业255家，数量居山东省前列。这一成果与部门分工明确密不可分。例如“烟台大花生”由农业农村局初审后报农业农村部登记，而“烟台苹果”则通过市场监督管理局申报国家地理标志产品保护示范区。对于企业而言，申请前需根据特产类别选择对应部门：初级农产品（如花生、苹果）优先对接农业农村局，加工类产品（如葡萄酒、粉丝）则通过市场监督管理局申报。两部门均提供标准化服务窗口，申请材料包括地域证明、质检报告等，整体流程约需3-6个月。这种专业化分工模式有效提升了烟台特产的品牌价值，其中“烟台苹果”已连续十四年位居中国果品区域公用品牌价值榜首。