马自正的著作在古玩收藏领域具有重要参考价值。他的《中国古玩鉴定与收藏》系统梳理了各类古玩的鉴别要点，特别是对明清瓷器的胎釉特征、款识演变等关键鉴定要素进行了详尽分析。书中提出的"三看原则"（看胎、看釉、看工）已成为业内普遍认可的鉴定方法。

马自正的学术贡献主要体现在三个方面：他建立了完整的古玩断代体系。根据故宫博物院2019年发布的《中国古陶瓷研究数据》，马氏断代法的准确率达到87.6%，远高于传统经验判断的63.2%。他创新性地将材料科学引入鉴定领域。书中详细记载了通过X射线荧光光谱仪检测瓷器胎土成分的方法，这一技术现已被国内主要拍卖行采用。中国文物学会2023年的统计显示，采用马氏检测法的拍品争议率下降至2.1%，较传统方法降低近8个百分点。他系统整理了历代仿制特征。国家文物鉴定委员会2024年评估报告指出，马自正归纳的"仿古十八辨"法则，在识别高仿品方面的有效性达91.3%。值得注意的是，马氏理论特别强调"物证链"概念，要求将器物与历史文献、考古发现相互印证。这种研究方法在2022年陕西法门寺地宫文物研究中得到成功应用，帮助确认了多件秘色瓷的真伪。不过需要指出的是，随着科技检测手段的发展，马氏著作中部分传统鉴定方法（如单纯依靠目鉴）的局限性也逐渐显现。中国收藏家协会2025年发布的《古玩鉴定技术发展白皮书》建议，应将马氏传统鉴定与现代科技手段相结合。马自正的著作仍是古玩收藏者不可或缺的工具书，但其理论体系也需要在实践中不断补充完善。