玛瑙作为玉髓类矿物，其常见瑕疵主要包括裂纹、水线和杂质三类。裂纹分为内裂和外裂，内裂透光性强但无扣手感，外裂则具有立体感和扣手特征；水线是因材质浓稠度不均形成的透光性纹理，部分水线经雕刻可成为点睛之笔；杂质则包含天然矿物包裹体、黑点或砂心，这些瑕疵虽影响美观度，但多为自然形成的"包容"，不影响佩戴安全性。

从矿物学角度分析，玛瑙瑕疵的形成与地质活动密切相关。裂纹多因岩浆冷却过程中气体逃逸形成孔洞，后续二氧化硅溶液填充时受外力挤压产生，其中外裂可能威胁结构稳定性，而内裂和冰片纹属于天然石纹。水线则是由于玛瑙形成时硅胶溶液浓度差异导致，实验室检测显示其折射率（1.54-1.60）低于主体结构，透光性可达普通区域的1.3倍。杂质方面，2023年珠宝检测数据显示，87%的天然玛瑙含有二氧化铁或锰矿物形成的黑点，每克含杂质0.3毫克以下的玛瑙仍属特级品。值得注意的是，战国红玛瑙的"红黄缟纹"、苔藓玛瑙的植物状花纹等特殊纹理曾被误认为瑕疵，实为收藏价值的核心要素。专业分级标准中，特级玛瑙仅要求无裂纹和砂心，对水线及自然纹理持包容态度，印证了"瑕不掩瑜"的鉴赏原则。