黑色树化玉主要源自远古时期的裸子植物和蕨类植物，尤其是松柏类、银杏类等中生代树种。这类树木在极端地质条件下，经过数千万年的硅化作用，其碳元素被二氧化硅取代，最终形成了黑色调的硅化玉。黑调通常源自树木原有木质中的有机质炭化，以及铁、锰等矿物元素的渗入。

从科学角度分析，黑色树化玉的树种鉴定主要依据其内部保留的植物解剖结构。通过显微镜观察，可发现黑色树化玉普遍具有裸子植物典型的管胞结构和清晰的年轮纹路。以新疆出土的黑色硅化木为例，其横截面可见明显的同心圆状生长轮，与现存松柏科植物的解剖特征高度吻合。地质记录显示，中生代晚期的松柏类植物在干旱环境中大量生长，其木质部富含树脂和鞣质，这些有机成分在硅化过程中易转化为深色矿物，形成独特的黑色外观。

缅甸北部发现的黑色树化玉则多与白垩纪晚期的蕨类植物相关。该地区出土的标本常保留蕨类植物的维管束结构，部分样本甚至可见叶片印痕。矿物学检测表明，这类黑色树化玉的致色因素主要是高价铁氧化物（如赤铁矿）的渗透，其二氧化硅含量普遍超过90%，摩氏硬度达7度以上，符合宝石级硅化玉的标准。值得注意的是，黑龙江特有的桫椤玉也呈现深黑色，其母体为史前桫椤树（树蕨），这类蕨类植物在硅化过程中因含铁量高而形成独特的玄铁色泽。

从市场收藏角度看，黑色树化玉的价值评估需综合考虑三个维度：首先是树种稀有性，如银杏类黑色树化玉因母体植物濒危而备受追捧；其次是硅化程度，完全玉化的标本透光性佳，在强光照射下会显现红褐色光晕；最后是艺术形态，保留树节或树瘤等原始特征的藏品价格可达普通料的十倍以上。目前缅甸产的黑冰种树化玉因兼具翡翠的冰透感和古木的沧桑感，在高端收藏市场持续走俏，优质料每公斤价格已突破万元。