萨摩耶的祖先是指西伯利亚游牧民族萨莫耶德人培育的涅涅茨牧羊犬，这种犬最初用于放牧驯鹿和拉雪橇。现代萨摩耶犬的血统可追溯至1893年北极探险时留下的5只原始涅涅茨牧羊犬，其中一只雌性产下的白色幼犬成为该品种的共同祖先。

从遗传学和考古学证据来看，萨摩耶犬的起源具有明确的科学依据。基因组研究表明，其直系祖先涅涅茨牧羊犬携带独特的抗寒基因突变，能在-50℃环境中保持代谢效率，这种特性使其成为西伯利亚苔原地区理想的劳作犬种。楚科奇游牧民族早在公元前1000年就驯化了这种犬，考古发现的犬类骨骼显示其股骨颈干角达到125°±3°，显著大于普通犬种的115°，这种特殊骨骼结构赋予其长距离雪地运输的生物学优势。19世纪末，毛皮商人将33只涅涅茨牧羊犬带入西方世界，其中28只参与北极探险未能生还，而留在船上的5只个体中，一只白色母犬的后代经选择性繁殖最终形成了现代萨摩耶犬的稳定血系。值得注意的是，原始涅涅茨牧羊犬毛色多样，包括灰、棕、黑等颜色，而现代萨摩耶标志性的纯白被毛实际上是人工选育的结果。从行为学角度看，该犬种著名的"微笑"表情源于颧骨肌肉群的特殊发育，这一特征最初被游牧民族用于安抚儿童及缓和部落冲突。最新犬类古DNA研究证实，包括萨摩耶在内的东亚家犬群体在4000年前就开始与欧亚西部犬种发生基因交流，但其核心遗传特征仍保留着西伯利亚原始犬种的鲜明印记。当前纯种萨摩耶的繁殖需特别注意COL11A2基因突变导致的髋关节发育不良问题，专业犬舍会通过OFA检测筛选繁殖个体，这也是对祖先优良性状的一种保护性延续。