浮游动物的主要食物来源包括浮游植物（如藻类）、细菌、更小的浮游动物以及水中的有机碎屑。它们通过吞噬或渗透方式摄取营养，是水生食物链中承上启下的关键环节。

浮游动物作为异养生物，其食性特征与水域生态系统稳定性密切相关。从营养级角度看，它们主要以三类物质为食：浮游植物是核心食物来源，例如硅藻和绿藻通过光合作用积累的有机物，占浮游动物摄入量的60%以上；水体中的细菌群落（尤其是分解菌）通过降解大分子有机物形成可吸收的小分子物质，成为浮游动物重要的渗透营养来源；体型较小的原生动物（如鞭毛虫）和有机碎屑（包括动植物残骸）也被纳入其食谱。这种杂食性特征使浮游动物能适应不同季节的水环境变化——当春季藻类繁殖受限时，它们会转向摄食细菌群落；而在夏季藻类爆发期，则主要依赖浮游植物维持种群数量。

从生态功能分析，浮游动物的摄食行为具有双重意义。一方面，它们通过消耗藻类调控水体富营养化进程，实验数据显示每毫升水体中浮游动物数量超过200个时，叶绿素a浓度可降低35%；其排泄物富含氮磷元素，能促进微生物矿化作用，形成闭合的物质循环。在养殖实践中，浮游动物更被证实是鱼虾幼苗的天然优质饵料——其体内含有22.7%的粗蛋白和5.3%的脂肪，且必需氨基酸组成与幼体需求高度匹配。值得注意的是，水温变化会显著影响其摄食效率：当水温从15℃升至25℃时，桡足类的滤食速率可提升3倍，这也是秋季浮游动物生物量常高于春季的重要原因。这种温度敏感性提示人工培育时需保持22-28℃的适宜区间，并配合7.2-8.5的pH值以优化其生长环境。