跨行取款的手续费通常从取款人银行卡账户中直接扣除。具体扣款方式为：当持卡人在非行ATM机进行跨行取现操作时，系统会实时从该银行卡余额中扣除取现金额及相应手续费。这一过程通过银联清算系统完成，资金流向涉及行、受理行和银联三方结算。

关于跨行取款手续费的扣款机制，其运作原理主要基于中国银联建立的跨行交易清算体系。根据银行业内标准实践，跨行取现手续费包含两部分成本：一是行向持卡人收取的服务费，二是受理行（即ATM所属银行）向行收取的跨行服务费。这两部分费用最终都由持卡人承担，并通过银联清算平台实现资金划转。以工商银行为例，其异地跨行取款按取款金额的1%加固定费用收取，这部分费用会与取款本金一并从账户扣除。

从技术层面分析，扣款过程分为三个步骤：ATM终端读取银行卡信息并发送交易请求至银联网络；银联系统向行验证账户余额是否充足；在持卡人确认交易后，系统同步完成取现金额和手续费的扣划。值得注意的是，部分银行对高端客户提供手续费减免优惠，如招商银行金葵花卡用户每月前10笔跨行取现免费，这类特殊情况下系统仅扣取本金。

监管政策方面，中国在《银行卡清算机构管理办法》中明确规定，跨行取现手续费应当遵循"谁受益、谁付费"原则。实际操作中，行会将手续费明细体现在交易流水记录中，持卡人可通过网银或对账单查询具体扣费情况。根据2024年银行业协会数据，我国ATM跨行交易成功率已达99.7%，手续费扣款的准确性和时效性得到充分保障。

对于持卡人而言，了解扣款机制有助于合理规划资金使用。建议优先选择本行ATM取现以避免额外费用，必要时可比较不同银行的费率标准。例如建设银行异地跨行取款按1%加2元/笔收费，而农业银行同类业务仅按1%收取（最低2元），通过对比选择成本更低的取款渠道。同时要注意，部分银行对每日取现次数设限，超出限额后可能提高手续费标准，这也是扣款金额可能产生差异的重要原因。