从利率成本角度分析，公积金贷款通常比商业贷款更划算。以2025年6月的最新数据为例，首套房公积金5年以上利率为2.6%，而同期商业贷款利率普遍在3.15%至4.2%之间。对于贷款100万元、期限30年的案例，公积金贷款月供比商贷平均节省700元左右，30年总利息差额可达18万至32万元不等。但具体选择需结合个人资金流动性需求、贷款额度限制等综合考量。

公积金贷款的核心优势在于其政策性低利率。2025年5月新政后，全国公积金首套利率降至2.6%，二套3.325%，较商贷平均低1-1.6个百分点。以北京为例，双缴存家庭最高可贷120万元，月供仅4004元，比同额度商贷少还216元/月。这种利差在长期复利作用下极为显著：贷款100万30年，公积金总利息约53.7万，商贷则达90万，差额相当于一辆中高端轿车。值得注意的是，公积金利率采用固定机制，不受LPR波动影响，而商贷每年重定价可能造成月供不稳定，如2025年某案例显示因忽略重定价日导致月供突增200元。

但公积金贷款存在三重限制需警惕。一是额度天花板，一线城市最高120万的额度难以覆盖高房价，如深圳80平米住房总价约462万，公积金仅能覆盖26%房款。二是资金机会成本，强制缴存的公积金年收益仅1.5%，远低于3.5%的理财产品收益，月薪1.5万者10年潜在收益损失达4.3万。三是使用灵活性差，38.2%的公积金资金因提取限制长期闲置。相比之下，商贷虽利率较高，但额度可达评估价七成，放款速度比公积金快15-30个工作日，且支持商住两用房等多元场景。

混合贷款策略可能是最优解。通过"公积金60万+商贷40万"的组合，既能享受2.6%的基础利率，又可突破额度限制，实际月供3890元比纯商贷低330元。建议重点关注三个决策点：优先用足公积金额度，特别是新政放宽的连续缴存6个月门槛；商贷谈判应选月末季末银行冲指标时点，部分三线城市利率甚至出现3%的逆向倒挂；还款方式上，等额本金虽前期压力大，但30年期100万贷款能比等额本息少还18万利息。最终选择需综合评估利率差、资金利用率、房产类型等变量，建议使用住建部官网的2025版房贷计算器进行个性化测算。