目前中国各地农村信用社主要由省级人民直接管辖，同时接受中国银行保险监督管理委员会的金融监管。具体管理架构上，各省通过省联社对辖内农信社行使管理、指导、协调和服务职能，形成"省级-省联社-县级法人"的三级管理体系。例如河南省联社管理全省136家县级行社，云南省联社下辖2个市联社和140个县级法人机构。这种管理模式自2003年国务院启动农信社改革试点后确立，并延续至今。

这一管理体系的形成具有深刻的历史背景和法理依据。2003年国务院印发《深化农村信用社改革试点方案》，明确将农信社的管理权限下放至省级，同时要求各省组建省级联社作为具体执行机构。根据该方案，省联社由辖区内农信社自愿入股组成，经省授权承担行业管理职能。在法律层面，《农村信用合作社管理规定》第四条明确规定"省联社承担对辖内农村信用社的管理、指导、协调和服务职能"。从监管分工看，银负责对农信社实施审慎监管，包括市场准入、风险防控等方面；而省级则承担风险处置责任，通过省联社落实日常管理。这种"双线管理"模式既保证了农信社服务"三农"的定位，又确保了金融风险可控。以改革成效显著的浙江农信为例，在省联社统一管理下，其2023年末存款余额突破4万亿元，涉农贷款占比保持在70%以上，充分证明了现行管理体制的有效性。