项目投入款的入账处理需根据资金性质区分：若为股东股权投资款，应借记"银行存款"，贷记"实收资本"（有限责任公司）或"股本"（股份有限公司）；若超过注册资本份额则差额计入"资本公积"。债权类投资款则需记入"短期借款"或"长期借款"科目，并计提利息费用。对于基金类投资项目，需根据投资标的类型分别核算至股票型、债券型等对应科目。

该处理方式的核心依据源于《企业会计准则第2号——长期股权投资》及财税相关规定。股权投资的入账价值需以实际支付对价的公允价值为基础，同一控制下企业合并则按被合并方所有者权益账面价值份额确认。实务操作中，有限责任公司与股份有限公司对投资款的会计处理存在差异，前者记入"实收资本"，后者记入"股本"，这种区分源于《公司法》对不同企业组织形式的法律要求。当股东投入超过注册资本时，资本公积科目能有效反映企业资本的溢价部分，其运用需遵循"资本维持原则"，可用于转增股本但不得随意分配。对于债权性投资，根据权责发生制原则，借款利息需按期计提并体现为财务费用，债券发行还需设立"应付债券"科目核算溢价折价摊销。税务处理方面，股东投资款需按实收资本与资本公积合计金额的万分之五缴纳印花税，而债权融资的利息支出在符合条件时可税前扣除。财政部2024年修订的《企业会计准则解释第16号》进一步明确，对子公司少数股权的新增投资应按购买对价公允价值入账，非货币性资产投资则需评估公允价值并确认相关税费。这些规范的统一执行，既确保了财务信息的可比性，也为投资者分析企业资本结构提供了标准化依据。