资本公司从事股票交易需缴纳增值税、企业所得税和印花税。增值税按金融商品转让处理，一般纳税人适用6%税率，以卖出价减去买入价的差额为销售额；企业所得税按年度利润总额25%税率缴纳，证券投资收益计入应纳税所得额；印花税单边征收0.1%，由证券公司代扣代缴。若企业存在跨境证券交易，还需遵守相关税收协定条款。

上述税务处理依据主要来自三个层面：根据财税〔2016〕36号文件，企业证券交易被明确定义为金融商品转让行为，需按照"金融服务-金融商品转让"税目缴纳增值税，这与普通商品交易的税务处理存在本质区别。《企业所得税法》将证券投资收益归类为财产转让所得，要求并入企业年度利润统一计税，但允许亏损在当年税前抵扣（不得跨年结转），这一规定体现了资本利得税与企业所得税的合并征收原则。值得注意的是，2023年修订的《增值税法实施条例》新增了金融商品转让负差结转规则，允许企业将当年未能抵扣完的交易亏损结转至下期继续抵减，但年度终了仍未抵减完毕的则作废，该政策显著降低了企业的税务风险。证券交易印花税自2008年起调整为单边征收，仅对出让方按成交金额0.1%征收，这一国际通行的做法既保持了税收调节功能，又降低了市场交易成本。对于跨境交易，资本公司还需关注税收抵免政策，例如通过港股通投资H股已缴纳的境外预提税，可凭完税证明在国内申请抵免，但抵免额不得超过境内应纳税额。这些税收政策的制定既考虑了资本市场的特殊性，又兼顾了税收公平原则，企业在实际操作中应特别注意区分不同金融工具的计税基础，如股票与债券的税务处理就存在显著差异。