溢价投资在会计处理上主要分为两种情况：对于企业收到的资本溢价，应计入"资本公积-资本溢价"科目；对于长期股权投资的溢价部分，则需根据持股比例和核算方法进行差异化处理。具体而言，当投资者投入资金超过注册资本份额时，会计分录为：借记"银行存款"，贷记"实收资本"（对应注册资本部分）和"资本公积-资本溢价"（超额部分）。若是长期股权投资产生的溢价，在成本法下直接计入投资成本，在权益法下需考虑对被投资单位净资产份额的调整。

这种会计处理方式的合理性源于多重因素。资本溢价反映了企业自创商誉和累积留存收益的价值，新投资者为共享这些隐形资产需要支付额外对价。数据显示，MicroStrategy公司因比特币投资策略产生的股权溢价高达112%，正是市场对其特殊价值和增长潜力的认可。会计准则要求区分注册资本与额外投入，以真实反映企业资本结构。财政部2025年发布的新企业会计准则解释第18号特别强调，对浮动收费法下的投资性房地产必须统一采用公允价值或成本模式计量，不得混淆，这体现了会计处理的一致性原则。在股权投资领域，当持股比例发生变化导致核算方法转换时，原先的溢价处理也需相应调整，比如从金融资产转为权益法核算时，公允价值与原账面价值的差额应计入当期损益。实践中，保险机构等长期投资者近年持续增加私募证券基金配置，其溢价投资行为更需要规范的会计处理来保障财务透明度。溢价投资的会计处理不仅是技术操作，更是企业价值管理和投资者权益保护的重要环节。