新三板基金当前呈现结构性分化特征，头部优质标的持续吸引资金流入，而基础层企业流动性压力仍存。2025年前五个月新三板创新层基金平均收益率达12.7%，显著跑赢同期沪深300指数8.3%的涨幅，但基础层基金平均收益率为-2.1%，显示市场分层效应加剧。

这一表现主要源于三方面因素：政策面持续释放利好，5月最新发布的《支持小微企业融资若干措施》明确鼓励新三板挂牌企业向北交所转板，带动创新层企业估值提升。数据显示，2025年第三批进层企业平均营收达5.42亿元，归母净利润5501万元，显著优于市场整体水平，其中53.3%的企业实现"增利又增收"。资金配置呈现明显偏好，公募基金通过专精特新主题产品加大布局，截至6月初可投新三板的公募产品已达31只，管理规模同比增长74%。第三，行业分化特征突出，计算机、电子设备制造等硬科技领域企业获得超额配置，相关主题基金年内回报超18%，而传统制造业基金普遍承压。值得注意的是，新三板指数化投资工具逐步完善，做市指数重回千点关口，为机构投资者提供更高效的风险管理渠道。整体来看，具备产业政策支持、研发强度高（平均研发占比5.24%）且符合转板条件的创新层企业，正成为资金追逐的核心标的。