鉴别99版5元的核心方法包括观察背面年号颜色、检查安全线特征及验证水印细节。背面年号"1999"中最后一个数字"9"的颜色是重要区分点：纯红色为红9，深紫色近黑色为黑9，红紫拼接为花9，其中红9因印刷误差存世量最少。全息磁性开窗安全线应可见缩微字符"¥5"，透光观察时左侧空白处需显现立体花卉水印，双色横号码下方应有透光水印"5"。真币纸张含红蓝纤维丝，凹印毛主席头像手感明显，而常缺失这些细节或做工粗糙。

这一鉴别标准的科学性源于中国官方技术文件与市场实证数据。根据央行2004年发布的第五套人民币防伪技术说明，99版5元采用10项防伪工艺，包括全息开窗安全线、双色纤维丝和凹版雕刻，这些技术至今难以被完全仿制。市场数据显示，红9因印刷缺陷仅存约4万张，黑9约15万张，而花9流通量最大，三者市价差异显著：全新红9单张交易价超500元，黑9约80元，花9仅20元左右。2025年PCGS评级报告指出，99版5元真伪鉴定通过率不足60%，主要因伪造者难以复制其磁性安全线与荧光纤维分布特征。值得注意的是，05版5元背面增加"YUAN"字样且取消颜色拼接设计，这成为区分两版的关键辅助特征。收藏界普遍认为，99版5元因其3年短流通周期及技术过渡属性，未来升值空间仍被低估。