专项债券的会计核算需区分财政总预算会计和单位会计两个层面。对于财政部门，收到专项债发行收入时应借记"国库存款"，贷记"债务收入"明细科目；转贷下级时通过"债务转贷支出"科目处理。使用单位取得债券资金时，财务会计借记"银行存款"，贷记"财政拨款收入"，预算会计同步登记"资金结存"和"财政拨款预算收入"。专项债券还本付息时，财政部门通过"债务还本支出"和"基金预算支出"科目核算，项目单位需将专项收入上缴财政并通过"应缴财政款"科目过渡。

这一会计处理框架的制定依据主要来自三方面权威规范：《会计准则第8号——负债》第七条明确债券属于举借债务，要求单位按财政拨款流程核算；财政部财库〔2015〕91号文详细规定了专项债券发行、转贷及还本付息的会计科目设置，形成财政总预算会计的操作标准；《地方专项债务预算管理办法》强调专项债务收支必须实现项目自平衡，这决定了会计核算必须单独反映债券资金流向。实务中，公立医院等事业单位采用"双分录"核算模式，既反映预算资金收支，又完整记录资产形成过程，如某县医院案例显示需对2000万元专项债资金及对应医疗设备进行辅助核算。企业取得专项债资金时则需区分总额法与净额法，通过"递延收益"科目分期确认收益，这与会计处理形成显著差异。当前专项债规模已连续五年超3.6万亿元，创新品种达20余类，规范的会计处理对防控债务风险、保障资金绩效具有关键作用。