万科A的主力持仓呈现机构主导、长期资金沉淀的特征。截至2025年一季度，前十大机构合计持股比例达44.81%，其中深圳市地铁集团以33.37%的流通股占比稳居第一大股东，中央汇金、香港中央结算等国家队资金合计持股超3.5%。公募基金持仓方面，华泰柏瑞沪深300ETF以1.15%的流通股占比位居基金持仓首位，嘉实基金旗下多只价值型产品长期重仓，仅嘉实价值精选单只基金就持有3038万股。

这种持仓结构反映出万科A的两大核心价值支撑。一方面，深圳市地铁集团作为国资背景的战略股东，通过32.43亿股的长期持有（占流通股33.37%）为企业提供了稳定的股权架构，这种"国资+险资"的股东组合有效对冲了房地产行业周期波动风险。公募基金的配置逻辑显示专业投资者对其资产质量的认可——2024年三季度76只基金集体增持，持股市值达39.61亿元，当季股价涨幅达40.26%。特别值得注意的是嘉实基金团队的坚守，其管理的7只产品连续5个季度持有万科且配置比例均超5%，其中嘉实价值驱动一年持有期混合等产品单只持仓市值就达17亿元，这种"高比例+长周期"的配置模式典型体现了价值投资的核心理念。从持仓变动趋势看，尽管2023年以来机构整体持股比例从48.49亿股降至2025年的22.43亿股，但核心机构持仓保持稳定，2024年Q3基金持股数反而逆势增加26只至76只，说明市场对其"开发+运营"双轮驱动模式的转型成效存在共识。当前6.6元左右的股价对应639亿流通市值，相对于机构持仓成本线已具备明显安全边际。