预算会计应重点考察资产类、负债类、净资产类、收入类和支出类五大科目体系。其中资产类需关注现金、银行存款等流动性科目；负债类需区分短期与长期债务；净资产类要掌握固定基金和累计盈余的核算规则；收入类需细分财政补助与非财政性收入；支出类应按功能和性质双重分类。同时需特别关注固定资产不提折旧但设备抵科目、专用基金专款专用等特殊处理方式。

预算会计科目设置具有鲜明的制度特性，其核心在于实现"预算管理"与"财务管理"的双重目标。2019年实施的《会计制度》要求事业单位必须构建"双基础并行"的核算体系，即同时采用收付实现制进行预算会计核算，又采用权责发生制开展财务会计核算。这种特殊的制度设计决定了预算会计科目必须满足三类特殊需求：一是预算执行监控需求，需设置"财政拨款预算收入""事业支出预算"等专属科目实时追踪资金流向；二是绩效管理需求，通过"事业收入""经营支出"等科目的明细核算，实现成本效益分析；三是合规性需求，例如"专用基金"科目要求严格区分职工福利基金、修购基金等子项目，确保专款专用。

科目体系的特殊性还体现在核算规则的差异上。固定资产处理采用"原值+累计折旧"的双科目模式，虽计提折旧费用但不直接冲减资产原值，这种备抵法能同时满足资产保全和成本核算要求。收入确认方面，财政补助收入必须按教育、医疗等功能分类辅助核算，上级补助收入则需单独建账以防范资金挪用风险。最新政策要求2025年起全面执行新收入准则，对"合同资产""合同负债"等新增科目需结合五步法模型进行账务处理，这进一步强化了预算会计科目的专业性和技术性。

从实务操作看，预算科目设置通常分为三级：一级科目对应预算报表项目，二级科目区分资金性质（如基本支出/项目支出），三级科目细化经济分类（如办公费/差旅费）。智能会计软件的普及使多维度辅助核算成为可能，例如用友系统可自动关联预算科目与功能分类、经济分类的勾稽关系，金蝶云会计则支持按项目、部门、区域等多重标签管理科目余额。这种分层设置既能满足《会计制度》对"平行记账"的强制性要求，又能适应不同层级预算单位的管控需求，一级预算单位侧重宏观预算调控，基层单位则需细化到具体开支事项。

值得注意的是，预算会计科目与企业会计存在本质差异。前者以预算控制为导向，强调"收支两条线"管理和财政资金追踪；后者以利润核算为中心，关注资产负债结构和经营成果。这种差异导致相同经济业务可能使用完全不同科目，例如事业单位固定资产购置直接冲减"财政拨款收入"，而企业则贷记"银行存款"等资产科目。随着会计改革的深化，预算科目体系正朝着"业财融合"方向发展，2025年新版科目表新增了"合同履约成本""资产处置费用"等业财联动科目，进一步提升了预算管理的精细化和科学化水平。