预算会计主要采用收付实现制和权责发生制相结合的方法。会计体系实行"双基础、双分录"模式，即在预算会计中使用收付实现制反映预算收支执行情况，在财务会计中采用权责发生制核算资产负债和成本费用。

预算会计采用收付实现制为主的方法，主要基于以下权威依据与实践考量：《会计准则——基本准则》明确规定预算会计以收付实现制为基础，旨在如实反映预算收支执行情况。这种制度设计能清晰追踪财政资金流动，确保预算执行的合规性与透明度。财政部2023年发布的《会计准则制度解释第6号》进一步细化固定资产核算规则，要求行政事业单位在"固定资产累计折旧"科目下按资产类别设置明细科目，这种分类核算方式与收付实现制形成互补，既满足预算管理需求，又兼顾成本控制。第三，国际公共部门会计准则(IPSAS)也指出，收付实现制更适合预算控制和短期财政规划，而权责发生制更适用于长期财务绩效评估。我国会计改革借鉴国际经验，构建了具有中国特色的"双体系"模式。从实务角度看，收付实现制能直观反映财政资金存量变化，便于进行国库集中支付、采购等现代财政管理；同时通过平行设置权责发生制财务会计系统，可全面核算运行成本。例如工程项目专门借款利息的会计处理就体现双基础优势：建设期利息计入工程成本（权责发生制），而实际支付时同步登记预算支出（收付实现制）。这种制度安排既符合《预算法》"以收定支"原则，又能准确计量公共产品成本。银行管理会计运营成本分摊方法指南等专业文件也印证了，在公共部门成本管理中需要综合运用多种核算方法。实践证明，这种混合模式既解决了传统预算会计无法全面反映资产负债的问题，又保留了预算控制的核心功能，是符合我国国情的科学选择。