对于一般纳税人企业提供的交通运输服务（如陆运、海运、空运等），运费增值税税率为9%；若为物流辅助服务（如仓储、装卸等）则适用6%税率。小规模纳税人提供运输服务按3%征收率计算。

现行增值税政策对运费税率有明确分层规定，主要依据服务性质及纳税人类型区分。交通运输服务作为基础民生领域，其9%税率在《营业税改征增值税试点实施办法》中被确立，涵盖陆路、水路、航空及管道运输等场景。例如货运公司承运货物时开具的发票即适用此税率，而物流企业提供的包装、分拣等辅助服务则归入6%税率范畴，体现国家对产业链不同环节的差异化税收调节。小规模纳税人因会计核算简易，统一适用3%征收率，但不可抵扣进项税额。

政策依据方面，《中华人民共和国增值税暂行条例》及2025年最新税率表均明确交通运输服务归属9%档位，与邮政、基础电信等基础服务并列。实际操作中需注意两点例外：一是跨境出口运输适用零税率以鼓励外贸；二是混合经营需分别核算，否则从高计税。例如某企业同时提供运输和仓储服务，若未分项核算则全部收入按9%计税。税务风险防范要点在于准确区分服务类型，如无运输工具承运业务虽不实际拥有车辆，仍按交通运输服务计税。

当前国际海运市场受旺季附加费影响（如6月起中东航线PSS涨至600美元/柜），企业需将运费成本与税务处理联动分析。会计处理时，一般纳税人取得合规运输发票可抵扣9%进项税，而小规模纳税人取得专用发票则按票面税额全额计入成本。政策动态方面，2025年增值税法修订虽取消劳务分类，但运输服务税率未作调整，延续原有框架以保持行业稳定性。建议企业定期核查运输合同条款与发票内容的一致性，避免因税目错误引发稽查风险。