纯牛奶适用的增值税税率为9%。这一结论基于当前有效的税收法规及其实践应用。

关于纯牛奶增值税税率的确定，需要从政策沿革、产品分类和实务操作三个维度进行系统分析。从政策演变角度看，2011年国家税务总局发布的38号公告明确规定，按照《食品安全国家标准》生产的巴氏杀菌乳和灭菌乳属于初级农业产品，可依照《农业产品征收范围注释》中的鲜奶按13%税率征收增值税。但经过2017年、2018年和2019年三次税率调整，原13%的农产品税率已逐步下调至9%。这一调整过程体现了国家支持农业发展的政策导向。从产品分类标准看，纯牛奶作为经净化、杀菌等基础加工工序生产的乳汁产品，符合财税字〔1995〕52号文件对"鲜奶"的定义，即各种哺乳类动物的乳汁及其初级加工品。与之相对的是调制乳、酸奶等深加工乳制品，这些产品适用13%的税率。从实务操作层面，税务机关在实际征管中主要依据产品执行标准进行判定。执行GB19645（巴氏杀菌乳）和GB25190（灭菌乳）标准的产品可适用9%税率，而执行GB25191（调制乳）标准的产品则适用13%税率。值得注意的是，零售环节可能存在特殊规定，如消费者个人购买的盒装纯牛奶可能适用3%征收率，但这属于特殊情形。综合政策文本与执行标准可以确认，纯牛奶作为初级农产品，当前适用的增值税税率应为9%。这一税率水平既符合农产品税收优惠的政策本意，也与乳制品行业的发展现状相适应。