煤炭企业可抵扣的进项税主要包括：采购煤炭及相关原材料取得的增值税专用发票（税率13%或9%）、运输费用发票（税率9%）、设备购置及维修服务发票（税率13%）、巷道建设等应税劳务发票（税率9%）。洗选煤加工费用、采矿权购置等无形资产对应的进项税额也可按规定抵扣。

煤炭行业的进项税抵扣政策主要基于以下法规依据：现行增值税政策规定，煤炭销售适用税率分为两种情况：居民用煤炭制品税率为13%，其他煤炭制品适用17%税率。但采购环节中，煤炭企业取得的进项发票税率可能不同。例如，运输服务适用9%税率，设备采购适用13%税率。对于煤炭采掘企业，巷道附属设备及生态恢复相关的应税劳务进项税允许抵扣，这一规定自2016年《关于煤炭采掘企业增值税进项税额抵扣有关事项的通知》明确延续至今。

实际操作中需注意三点：一是区分煤炭用途。若采购煤炭用于生产居民用煤炭制品，进项税率需与销售端13%税率匹配；若用于工业用途，则需按17%税率计算销项税，但进项税仍按实际发票税率抵扣。二是运输费用处理。根据财税〔2015〕70号文，煤炭销售额中可扣减合理运输费用，但需提供合法凭证。若运输费明显高于市场价，税务机关有权调整计税价格。三是特殊成本处理。如维简费、安全经费等专项储备支出，若用于购置固定资产，需一次性计提折旧并冲减专项储备，其进项税可全额抵扣。

对于虚开发票风险，国家税务总局明确要求企业确保业务真实性。大同市税务局2025年查处的典型案例显示，煤炭企业通过伪造入库单、虚构运输单据等方式虚，最终被追缴税款并承担刑事责任。企业应保留完整的采购合同、运输轨迹、质检报告等链条证据。若因上游虚开导致进项税转出，可依据《企业所得税税前扣除凭证管理办法》争取成本扣除，或申请按行业平均税负率核定征收。

煤炭资源税改革后，洗选煤销售额需按折算率计算资源税，但增值税进项抵扣不受影响。企业应分别核算原煤与洗选煤的进项税，避免混同。2025年新版增值税申报表进一步简化了进项税抵扣流程，企业可通过电子税务局完成出口货物信息确认，但需注意进料加工业务的保税料件金额填报要求。

综上，煤炭企业进项税管理需结合行业特点，既要合规抵扣降低税负，又要防范虚开风险。建议定期复核进项税构成比例，确保与产量、能耗等生产要素匹配，同时关注地方性政策如洗选煤折算率的动态调整。