公司印章在会计处理中通常计入"管理费用"科目下的"办公费"二级科目，或根据《企业会计准则第6号——无形资产》确认为无形资产。具体处理需结合印章价值和使用年限判断：单价低于5000元或使用年限不足1年的印章可直接费用化；具有长期使用价值且成本能可靠计量的防伪印章、电子签章系统等可资本化为无形资产。

根据财政部《企业会计准则讲解》及《企业财务通则》规定，印章的会计处理需遵循实质重于形式原则：常规物理印章作为低值易耗品，其采购费用依据《企业会计准则——基本准则》第16条权责发生制原则，在领用时一次性计入当期损益；而具有法律效力的电子印章系统因包含加密技术、数字证书等可辨认非货币性资产特征，符合无形资产确认条件，应按《企业会计准则第6号》第4条进行资本化处理，在5-10年内摊销。

中国注册会计师协会发布的《会计实务问题解答（2023）》第17号明确指出：企业为取得合同而制作的法定代表人章、发票专用章等，若单个成本超过企业设定的资本化标准（通常为5000元），应当确认为长期待摊费用或无形资产。例如某上市公司2024年年报显示，其将价值12万元的电子签章系统计入无形资产，按5年直线法摊销；而普通公章制作费800元则直接计入管理费用。

实务操作中需注意三点差异：一是地域差异，如上海市税务局2024年《企业税务处理指引》要求价值2000元以上的印章必须资本化；二是行业差异，金融机构依据《商业银行会计处理办法》需将全部印章费用化；三是税会差异，企业所得税法实施条例第75条规定印章摊销年限不得低于3年，而会计处理可能采用更短期限。因此建议企业在账务处理时同步建立《印章管理台账》，详细记录印章种类、取得时间、使用部门及财务处理方式，以满足《会计基础工作规范》第48条关于会计凭证附件完整性的要求。