福利企业退税流程主要包括四个步骤：首先进行人员筛查，通过人社部门系统核验员工身份；其次向税务部门提交《企业重点群体人员名册》及雇佣证明进行备案；然后在电子税务局"优惠事项办理"模块提交申报表；最后等待审核通过后，税款将直接退还企业对公账户，周期约30个工作日。在计算退税金额时，需要将退税纳入收入总额中，根据企业所得税的相关税率进行计算。

这一流程设计充分考虑了福利企业的特殊性及其税收优惠政策的落实。从政策依据来看，财政部和国家税务总局联合发布的财税[2006]135号文件明确规定了对福利企业税收优惠政策的调整和完善。具体实施过程中，企业需要严格遵循人员核查、资料备案、退税申请和资金到账四个关键环节。人员筛查环节要求企业保存劳动合同和社保缴纳记录，这是确保企业确实雇佣了符合政策要求的残疾人员工的重要依据。资料备案环节需要提交《企业重点群体人员名册》，这份文件需经民政局福利生产办公室和国税管理所双重审核盖章，体现了政策执行的严谨性。退税申请环节通过电子税务局线上办理，既提高了效率又确保了流程的规范性。资金到账环节约30个工作日的周期，符合财政资金拨付的一般流程。在会计处理方面，福利企业收到的退税款应计入"营业外收入"科目，同时在计算应纳税所得额时，发放给残疾人员的工资可以作为可扣除项目双倍扣除，这是福利企业相较于一般企业的特殊优惠。这一系列流程设计既确保了税收优惠政策的切实落地，又通过多环节审核保障了政策的规范执行，体现了国家对福利企业发展的支持和对残疾人就业的鼓励。