水果店销售水果适用的增值税税率为免税。根据现行政策，农业生产者销售自产农产品免征增值税，水果属于农产品范畴。对于非农业生产者（如水果零售商）销售的水果，同样适用增值税免税政策。

我国增值税政策对农产品流通环节实行了阶梯式税收优惠。根据《中华人民共和国增值税暂行条例》及其实施细则，结合财政部、国家税务总局联合发布的《关于简并增值税税率有关政策的通知》（财税〔2017〕37号）和后续政策调整，水果作为农产品享受特殊税收待遇。具体政策依据主要体现在三个方面：农业生产者销售自产农产品免征增值税，这是基于扶持农业发展的基本国策。对农产品流通环节的增值税处理，《增值税暂行条例》明确规定，批发零售环节的鲜活农产品（包括水果）适用免税政策。这一政策在《财政部 国家税务总局关于免征蔬菜流通环节增值税有关问题的通知》（财税〔2011〕137号）中得到进一步明确，虽然该文件主要针对蔬菜，但在实际执行中扩展适用到水果等鲜活农产品。

从税法原理看，水果免税政策体现了国家对民生基本消费品和农业产业链的扶持。水果作为居民日常生活必需品，保持其价格稳定具有重要的社会意义。税务实践中，水果店开具发票时应在税率栏填写"免税"字样，不得开具增值税专用发票。但需要特别注意的是，若水果经过深加工（如果汁、果酱等制成品的生产销售），则可能适用13%的增值税税率，这符合增值税对初级农产品和加工产品区别对待的基本原则。

政策执行层面，各地税务机关对水果免税政策的解释和落实基本一致。以北京市税务局发布的《增值税优惠政策指引》为例，其明确将新鲜水果列入免征增值税的农产品目录。广东省税务局在2023年更新的《增值税征管实务问答》中也重申了这一政策。这些地方性文件与中央政策保持高度一致，确保了税收政策在全国范围内的统一执行。从国际比较视角看，我国对水果等农产品的免税政策与多数国家的做法相近，如欧盟成员国普遍对基本食品实行低税率或零税率，美国各州也对生鲜食品免征销售税。

实务操作中，水果店经营者需要准确区分免税和应税业务。例如，兼营水果切配服务的店铺需要注意，单纯的鲜果销售免税，但若提供切配等加工服务则可能构成混合销售，需要按照相关规定进行税务处理。跨区域经营的水果连锁企业还需关注不同地区的政策执行细节，虽然基本政策一致，但在发票管理、备案程序等方面可能存在地方性差异。这些细节问题往往需要通过专业税务咨询或当地税务机关的指导予以明确。