水果的进项税抵扣率通常为9%，若用于生产或委托加工13%税率货物（如水果罐头），则可按10%计算抵扣。从小规模纳税人处取得的3%专票需按发票金额×9%计算抵扣，不可直接勾选票面税额。

水果作为农产品范畴，其进项税额抵扣规则遵循我国农产品增值税的特殊政策体系。根据现行税法，农产品增值税抵扣采用"凭票抵扣"与"核定扣除"双轨制，其中水果交易主要适用凭票抵扣规则。具体而言，一般纳税人购进水果时，若从一般纳税人处取得9%专票，可直接按票面税额抵扣；若从小规模纳税人处取得3%专票，则需按发票不含税金额×9%重新计算抵扣额，这是因为小规模纳税人开具的3%专票实际可享受高于票面税率的抵扣优惠。对于农业生产者销售的自产水果，收购方可凭收购发票或销售发票按买价×9%计算抵扣，这体现了国家对初级农产品的税收扶持。当水果用于深加工时（例如果汁、罐头等13%税率产品），允许在领用环节加计1%扣除，使总扣除率达到10%，此设计旨在平衡产业链税负。需特别注意三类特殊情形：一是批发零售环节销售的免税水果（如鲜活农产品）即便取得普票也不得抵扣；二是进口水果需凭海关缴款书抵扣，且关税与增值税分别计算；三是2024年全面推广的数电发票需通过税务数字账户进行用途确认后方可抵扣。实务操作中，会计处理需区分"购入时抵扣9%"与"领用时加计1%"两个环节，错误勾选将导致少抵扣进项税。例如从小规模纳税人处购入8万元水果取得1%专票，正确抵扣额应为7,200元而非票面800元，差额6,400元将直接影响企业税负。政策依据主要源自财税〔2017〕37号、2019年第39号公告等文件，近期税务数字账户系统的升级进一步规范了抵扣流程，纳税人可通过该系统完成加计扣除的确认与补录。