伴生矿在符合条件时可享受免税政策，而主矿仍需按规定缴纳资源税。具体而言，若伴生矿与主矿产品销售额分开核算并提交证明材料，伴生矿可免征资源税；若未分开核算，则需按主矿税目税率计税。

这一政策依据主要来源于《中华人民共和国资源税法》及相关配套文件。资源税法第七条明确规定，纳税人开采共伴生矿时，若与主矿产品销售额分开核算，可享受免征或减征资源税的优惠。该条款的立法目的在于鼓励矿产资源综合利用，减少开采过程中的资源浪费。财税部门后续发布的配套文件进一步细化了操作标准：纳税人需向税务机关提交自然资源部门出具的伴生矿认定证明、独立核算的会计凭证及销售台账等材料，经审核通过后方可享受免税。值得注意的是，不同省份对该政策的执行存在差异，例如广西等资源大省对伴生矿的免税审批更为严格，通常要求企业提供选矿工艺流程说明及矿物成分检测报告。

从税收原理分析，伴生矿免税政策体现了资源税"级差调节"的功能。由于伴生矿具有品位低、提取成本高的特点，若与主矿同等征税将抑制企业综合回收的积极性。实践中，伴生矿的免税资格认定需满足三个核心要件：一是矿物共生关系经自然资源部门确认，如铁矿与钒钛磁铁矿的伴生关系；二是独立计量系统经税务机关验收，包括分矿种的开采量监测设备和销售计量装置；三是财务核算清晰可辨，要求分设伴生矿的成本归集科目和收入明细账。对于未达上述标准的企业，即使实际开采伴生矿，仍须按主矿税率合并计税。

政策执行中需特别注意两类特殊情形：其一，伴采矿虽与伴生矿名称相近，但税收待遇截然不同。根据财税2016年54号文件，伴采矿若单独核算则按单独税目征税，未单独核算的按主矿税率计税，这与伴生矿的免税政策形成鲜明对比。其二，伴选矿作为选矿过程的副产品，始终按原矿税率征税，不适用免税条款。这种差异化处理反映了税收政策对矿产开采全链条的精准调控。

从征管实践看，2024年自然资源部与税务总局联合开展的资源税专项检查发现，伴生矿免税政策的执行主要存在两个问题：一是部分企业通过关联交易虚增伴生矿销售额避税；二是少数地区为招商引资擅自扩大政策适用范围。对此，2025年新修订的《资源税征收管理办法》强化了三项监管措施：建立伴生矿免税备案清单公示制度、推行矿产品溯源管理系统、实施跨部门联合惩戒机制。这些措施既保障了合规企业的正当权益，也维护了税收公平秩序。