对于伴生矿的违法开采行为，根据《中华人民共和国矿产资源法》及配套法规，处罚措施主要包括行政处罚和刑事处罚两类。行政处罚方面，对未综合开采伴生矿的行为可处以罚款，罚款金额为矿产资源损失价值的50%以下，并可吊销采矿许可证；刑事处罚方面，若造成矿产资源严重破坏，构成破坏性采矿罪的，可判处五年以下有期徒刑或拘役，并处罚金。若伴生矿属于国家规定实行保护性开采的特定矿种，或在禁采区非法开采，将加重处罚。

这一处罚标准的法律依据主要来源于以下几方面：《中华人民共和国矿产资源法》明确规定开采主要矿产时必须对具有工业价值的共生和伴生矿产统一规划、综合开采，防止浪费。该法第四十四条明确了对破坏性开采方法的处罚措施，包括罚款和吊销许可证，构成犯罪的追究刑事责任。《最高人民法院 最高人民检察院关于办理非法采矿、破坏性采矿刑事案件适用法律若干问题的解释》细化了"情节严重"的认定标准，其中特别指出对保护性开采特定矿种的非法开采行为，造成矿产资源破坏价值在5万至15万元以上即可认定为"情节严重"，而达到该标准五倍以上的则构成"情节特别严重"。《矿产资源法实施细则》第四十二条进一步明确了罚款计算标准，即按矿产资源损失价值的50%以下处罚。

从执法实践来看，各地查处的矿产资源违法案例显示，对伴生矿违法开采的处罚呈现三个特点：一是坚持"谁破坏、谁治理"原则，除经济处罚外，违法者还需承担生态环境修复责任；二是强化行刑衔接，对达到刑事立案标准的坚决移送司法机关；三是差异化处罚，根据矿种价值、破坏程度、主观恶性等因素确定处罚力度。例如广西公布的非法采矿案例中，对破坏稀土等战略性矿产的行为普遍从严惩处，主犯刑期可达4年以上。需要注意的是，若伴生矿被认定为放射性矿种，其污染防治还需适用《尾矿污染环境防治管理办法》等特别规定，违法者可能同时面临生态环境部门的专项处罚。