制药工厂当前面临的核心问题主要集中在药品质量控制、安全生产隐患以及成本管理三大领域。这些问题直接影响企业运营效率和资本市场表现。

药品质量问题根源在于原料把关不严和生产工艺缺陷。部分企业为降低成本采用劣质药材或未经正规检测的原料，导致最终产品疗效不稳定。2025年国家药监局抽检数据显示，原料药不合格批次中68%与供应商资质不全有关。生产工艺方面，约43%的中小型药企仍在使用落后设备，难以保证药品稳定性。某省2025年药品不良反应报告中，31%案例与生产工艺缺陷直接相关。

安全生产风险突出表现为设备老化和管理漏洞。南京华洲药业因化工装置未经安全设计诊断被列为重大事故隐患典型案例；江苏永创医药则因超产能生产和设施未验收等问题被处罚。这类事件不仅造成直接经济损失，更导致企业股价平均下跌12-15%。全国医药企业安全生产普查显示，32%的企业存在管道阀门泄漏、高效过滤器未及时更换等隐患。

成本控制困境体现在研发投入不足和供应链波动。2025年行业报告指出，国内药企研发投入仅占营收5.8%，远低于国际15%的平均水平。原材料成本占比超过40%，但供应链管理体系薄弱。某上市药企因中药材价格上涨导致毛利率下降5.3个百分点，引发机构投资者减持。精草铵膦等原料产能过剩又造成价格战，进一步压缩利润空间。