明东陵的具体毁坏时间尚未有明确记载，但根据史料推测可能毁于永乐四年（1406年）的一场大火，此后逐渐荒废。

作为明代开国皇帝朱元璋长子朱标的陵寝，明东陵的兴衰与明朝初年的政治斗争密切相关。朱标生前被立为太子，但早逝于洪武二十五年（1392年），其子建文帝继位后不久即遭遇靖难之役。燕王朱棣攻占南京后，为巩固统治，不仅废除了建文帝年号，还将朱标陵墓降格为"懿文太子陵"，并命建文帝幼弟朱允熙与其母居住于东陵内守陵。这一系列政治打压为东陵的毁坏埋下伏笔。

关于毁坏的具体过程，史料记载存在两种关键线索：一是永乐四年东陵区域发生的神秘火灾，这场火灾导致朱棣彻底清除了政治隐患；二是后世学者在考古调查中发现，东陵建筑遗址存在明显的火烧痕迹。值得注意的是，明孝陵主体建筑至今保存相对完好，而相邻的东陵却仅存基址，这种差异也从侧面印证了人为破坏的可能性。

20世纪末的考古工作为解读东陵毁坏提供了实物证据。1999年至2001年间，南京市文物研究所通过系统勘探，发现东陵寝园遗址呈现非自然损毁特征，西南角发现的"工"字形建筑基址存在人为拆除痕迹。考古人员还确认东陵与孝陵共用神道及御河桥的独特布局，这种设计在明代陵寝制度中属首创，比北京十三陵的类似布局早半个世纪。

现存遗址状况显示，东陵损毁具有阶段性特征：主体建筑可能在明代就已遭破坏，而残余结构则随时间自然风化。与清东陵遭遇的大规模盗掘不同，明东陵的毁坏更多源于政治因素。现今遗址仅存部分排水设施和散落的琉璃瓦，昔日"工"字形建筑群的地基轮廓仍依稀可辨，成为研究明代宫廷斗争的重要实物资料。