鞭毛菌亚门真菌引起的植物病害主要包括猝倒病、疫病、霜霉病、白锈病和根肿病等。这类病原菌多通过土壤或病残体传播，在潮湿环境中易爆发，对农作物造成严重危害。

鞭毛菌亚门真菌属于较低等的真菌类群，其典型特征是产生具有鞭毛的游动孢子。这类真菌多数生活在水中或潮湿土壤中，部分为陆生专性寄生菌。从植物病理学角度看，鞭毛菌亚门引发的病害具有以下典型特征：腐霉属引起的猝倒病主要危害幼苗，表现为茎基部水渍状腐烂，植株倒伏死亡；疫霉属可导致番茄晚疫病和黄瓜疫病，病部出现褐色坏死斑，湿度大时产生白色霉层；霜霉菌引起多种作物的霜霉病，叶片出现多角形黄斑，背面产生灰黑色霉层；白锈菌引发白锈病，病部形成白色疱状孢子堆；根肿菌导致十字花科根肿病，根部形成肿瘤状突起。

从发病条件分析，鞭毛菌病害多在低温高湿环境下流行。如霜霉病在10-15℃的潮湿环境易发，而疫病则在20-25℃、湿度80%以上时暴发风险最高。这类病原菌以菌丝体、孢子囊或卵孢子在土壤或病残体中越冬，次年通过气流、雨水或农事操作传播。连作田块、排水不良地块以及种植过密的作物更易感病。

防治方面应采取综合措施：预防可用百菌清、代森锰锌等保护性杀菌剂；治疗推荐使用甲霜灵、霜霉威、烯酰吗啉等内吸性药剂。同时要注重农业防治，包括轮作倒茬、改善排水、合理密植等措施。值得注意的是，不同鞭毛菌病害对药剂的敏感性存在差异，如乙磷铝对霜霉病效果显著，而对腐霉病防效较差。因此准确诊断病害类型是科学用药的前提。