鲤鱼与其他淡水鱼最显著的区别在于其体型修长呈梭形，口部呈马蹄形且上腭两侧各有一对明显的触须，这是区别于无须鲫鱼的关键特征。野生鲤鱼体色金黄尾鳍橙红，而养殖鲤腹部膨大且体色偏暗。观察鳞片时，鲤鱼具有36片带黑点的十字纹理鳞，侧线鳞数量达41-43片，均多于鲫鱼。此外鲤鱼背鳍基部较长且具有锯齿状硬棘，拱泥觅食时会发出独特咕噜声并产生菊花状水花。

作为底栖杂食性鱼类，鲤鱼的特殊形态与其生态习性密切相关。其马蹄形口部和两对触须是长期底栖觅食进化的结果，能有效探测泥沙中的食物。研究表明，野生鲤鱼因需适应流水环境，体型较养殖鲤更瘦长，头部比例更小，体长可达头长的4倍以上，这种流线型结构可减少水流阻力。黄河鲤鱼的金鳞赤尾特征与其生长环境直接相关，黄河泥沙水质使鳞片呈现独特的暗金色，而清水养殖鲤颜色则更鲜艳。通过鳞片粗糙度也能判断来源，野生鲤因自然摩擦导致鳞片更粗糙，养殖鲤因环境洁净而鳞片光滑。鲤鱼的侧线鳞数量稳定在41-43片，这是分类学上的重要依据，而鲫鱼仅40-42片。垂钓时还可通过鱼星特征鉴别，鲤鱼产生的气泡群呈碎米粒状且移动缓慢，伴有闷响的拱食声，这与鲫鱼点状气泡和草鱼直线型气泡有明显差异。值得注意的是，杂交品种如丰鲤等可能保留母本红鲤的体色特征，但依然会继承鲤鱼标准的须部结构和鳞片数。