赤尾子鱼主要分布于中国南方水质清澈的溪流、江河急流或缓流处，如云南、贵州、福建、广西等地水系，珠江、闽江、元江水系及长江中上游支流。理想的钓点需满足以下条件：多石块的溪流或砾石底水域，水深不超过2米，有急流与缓流交界的浅滩区域，且远离污染源。贵州娄山关北面、云贵山区溪流及浙江楠溪江等地是典型钓场。

赤尾子鱼对栖息环境有严苛要求，其分布与水质、水流速度及底质类型密切相关。从生态习性看，这种鱼偏好溶解氧充足（≥5mg/L）、水温20-28℃的流水环境，急流与缓流交界处形成的"食物漩涡"使其摄食效率提升5倍。研究显示，赤尾子鱼集群生活于有地下水涌出的深潭或山涧溪流，底质为卵石或岩石的区域种群密度最高，而泥底静水区几乎绝迹。云贵地区钓获记录表明，符合"两水夹一滩"地形的钓点（如溪流凸岸浅滩）中鱼率是单一水流区的3倍以上，这与该鱼种逆流觅食的习性直接相关。水质方面，2023年贵州生态监测数据显示，赤尾子鱼仅存活于总氮含量＜0.5mg/L、透明度＞1.5米的溪流，其鳃部组织对重金属污染的耐受性仅为常见鲤科鱼类的1/3。垂钓实践证实，选择溶洞水补给、pH值6.5-7.5的钓点，配合青苔饵料，可使钓获量提升40%。值得注意的是，该鱼种在涨落潮时段的活跃度显著增高，这与溪流水位波动引发的溶氧变化有关，专业钓手常根据潮汐表规划作钓时机。