石扁头鱼主要以底栖动物为食，包括螺、蚌、水生昆虫及其幼虫、小虾、小鱼等，偶尔也会摄食高等植物碎屑及藻类。在垂钓时，活饵如蚯蚓、蛆虫（面包虫）是较为有效的选择。

石扁头鱼是一种典型的底栖性鱼类，栖息于水流较急、底质多石砾的江河干、支流中，集群生活。其摄食习性与栖息环境密切相关。由于石扁头鱼喜阴厌阳，常藏身于石头缝隙或崖壁附近的深水区，因此其食物来源也以栖息地附近的底栖生物为主。研究表明，石扁头鱼夜间觅食习性明显，这与其躲避天敌和适应水流环境的生存策略有关。在春末至秋中季节，江水涨潮和平潮时是垂钓的黄金时间，此时石扁头鱼摄食活跃，尤其偏好活饵。

从营养生态学角度来看，石扁头鱼的食性与其消化系统结构相适应。其扁平的头部便于啃食石头表面的青苔和附着生物，而强壮的颌骨则有助于捕食螺、蚌等硬壳类生物。石扁头鱼味觉和嗅觉灵敏，对活饵的动态刺激反应强烈，这也是蚯蚓、蛆虫等活饵效果显著的原因。在人工养殖环境下，经过驯化的石扁头鱼可摄食人工配合饲料，但在自然水域中，其仍以天然底栖动物为主要食物来源。

对于垂钓者而言，了解石扁头鱼的食性至关重要。选择背阴处的钓点，使用活饵，并在涨潮时段垂钓，可大大提高钓获率。由于石扁头鱼缚地能力强，能抵抗水流，因此钓组配置需考虑加重以保持饵料在底部。值得注意的是，不同地域的石扁头鱼可能存在食性差异，垂钓时应结合当地实际情况调整饵料选择。