目前具有收藏价值的五元主要集中在几个特殊版本：1999年版5元（简称99版5元）、首发冠号FA开头的五元，以及特殊荧光版本如"绿五珍"。其中99版5元因发行时间短、存世量少而备受关注，尤其是其特殊版本如"黑九"、"红九"、"花9"和稀有的"九伍独尊"更具收藏价值。首发冠号FA作为五版币5元的首个发行冠号，其收藏价值高于普通冠号。荧光版五元因背面呈现特殊绿色荧光效果，形成了独特的"绿五珍"系列，在收藏市场上较为罕见。

这些五元的收藏价值主要基于以下几个关键因素：首先是稀缺性，99版5元由于印刷问题仅流通一年左右就被回收替换，实际流通时间极短，存世量有限。据行业统计，"九伍独尊"这一特殊版本仅占995总量的0.03%，其稀有程度可见一斑。其次是历史意义，99版5元是第五套人民币中唯一采用"一字双色"防伪工艺的，代表了当时国际先进的印钞技术，具有特殊的历史地位。再者是品相要求，全新未流通的99版5元与流通品相的价值差异显著，品相完好的更具升值潜力。市场数据表明，品相良好的99版5元目前市价已达面值的6倍左右。特殊冠号如首发冠FA和补号冠AG、AJ、AH等，因发行量较少而具有额外收藏溢价。荧光版本则因其独特的视觉效果和较少的存世量，成为细分收藏领域的热门品种。从市场表现看，这些特殊版本的五元虽然目前价格涨幅相对温和，但考虑到其稀缺性和历史价值，未来升值空间被专业收藏界普遍看好。