吴昌硕的篆刻作品主要收藏于安吉县吴昌硕纪念馆和上海吴昌硕纪念馆。这两个纪念馆集中展示了吴昌硕各个时期的篆刻代表作，是研究其篆刻艺术的重要场所。

安吉县吴昌硕纪念馆作为最早建立的专题纪念馆，收藏了吴昌硕早、中、晚三个时期的篆刻作品。该馆1982年设立，1986年馆舍落成，坐落于吴昌硕故里浙江省安吉县递铺镇苕溪路89号。馆内专门设有吴昌硕书画印章陈列厅，收藏了其不同风格的篆刻作品，包括其常用的"归仁里民"、"吴俊之印"等代表性印章。这些印章展现了吴昌硕将石鼓文笔意融入篆刻的艺术特色，形成了独特的"钝刀硬入"的篆刻风格。该馆还收藏了吴昌硕生前使用的刻刀、笔筒、镇纸等文房用具，为研究其篆刻创作过程提供了实物资料。

上海吴昌硕纪念馆则重点收藏了吴昌硕1912年定居上海后的篆刻作品。这一时期是吴昌硕艺术风格完全成熟的阶段，他在上海形成了具有鲜明特色的诗、书、画、印"四绝"。纪念馆展出的篆刻作品反映了其"由金石入书画"的金石笔意和"破古法"而"出己意"的开拓气度。特别值得注意的是，该馆收藏的吴昌硕晚年篆刻作品，如"湖州安吉县"等印章，体现了其艺术巅峰时期的创作特点。这些作品笔力雄浑，章法严谨，将书法、绘画与篆刻艺术完美融合。

除上述两家主要纪念馆外，浙江省博物馆、故宫博物院等机构也收藏有部分吴昌硕篆刻作品。浙江省博物馆藏有吴昌硕50岁时创作的《鼎盛图》等包含篆刻元素的作品；故宫博物院曾举办"铁笔生花——故宫博物院藏吴昌硕书画篆刻特展"，展出其篆刻精品。但相较而言，安吉和上海两家吴昌硕纪念馆的收藏更为系统全面，能够完整呈现这位艺术大师在篆刻领域的卓越成就。两家纪念馆通过持续不断的学术研究和展览活动，使吴昌硕的篆刻艺术得到更好的传承和弘扬。