龙猫的眼睛颜色主要呈现黑色、红色或酒红色，具体颜色取决于其毛色基因类型。标准灰龙猫通常拥有黑色眼睛，而米色系龙猫（包括金色、咖色等）则普遍呈现红色系眼睛，深浅从暗红到透明玻璃质感不等。纯白色龙猫虽通体雪白，但仍保留黑色眼睛和灰色耳朵的特征。

龙猫眼睛颜色的差异本质上由基因调控决定。标准灰作为基础基因型，其黑色眼睛源于真黑色素的稳定表达，这与大多数啮齿动物的眼部色素沉积机制一致。米色基因（Tower Beige）的引入会改变虹膜色素构成，使眼睛呈现红色，这是因为米色基因抑制了真黑色素合成，转而促进褐黑色素形成，导致光线透过血管时显现红色调。携带双米色基因的金色龙猫，眼睛更呈现透明"果冻状"或"闪电纹"的特殊质感，这是因虹膜基质层胶原纤维排列方式发生改变所致。值得注意的是，纯白色龙猫虽携带白色基因，但眼睛仍保持黑色，这是因为白色基因仅影响毛发黑色素合成，对眼部色素细胞无干扰。银斑龙猫作为白色基因杂合体，同样保持着标准灰的黑色眼睛特征。深色系龙猫如丝绒黑、紫灰等，其眼睛颜色与标准灰类似，但部分个体会因隐性基因影响出现虹膜边缘色环现象。专业繁殖记录显示，眼睛颜色与毛色存在显著关联性，如金咖龙猫必然携带双米色基因而呈现酒红色眼睛，而巧克力色龙猫则因黑基因优势表达使眼睛趋近黑色。这种性状关联性为龙猫基因研究提供了重要标识，也是国际龙猫协会（ICA）制定品种标准的关键依据之一。