黑獒与黄獒交配的后代毛色通常会出现黑色、棕黄色或黑褐色（铁包金）三种主要颜色，也可能出现红獒或带有杂毛的个体。这是因为藏獒毛色受常染色体上的基因A1、A2和A3控制，其显隐性关系为A1（黑色）>A2（棕黄色）>A3（黑褐色）。

藏獒毛色的遗传遵循基因的分离定律，具有明确的显隐性关系。黑色藏獒的基因型为A1A1、A1A2或A1A3，棕黄色藏獒基因型为A2A2或A2A3。当黑獒（A1基因型）与黄獒（A2基因型）交配时，其后代可能获得的基因组合包括A1A2（表现为黑色，因A1对A2为显性）、A1A3（黑色）、A2A2（棕黄色）或A2A3（棕黄色）。理论上，这种配对产生黑色后代的概率较高，但也可能产生棕黄色个体。

实际繁育中可能出现特殊现象：一是"铁包金"（黑褐色）毛色，这是A3基因表达的结果；二是红色个体，这是基因重组导致的特殊表现型，但出现概率较低；三是杂毛现象，源于多基因调控或隔代遗传。例如某獒园采用黄配黑的组合，确实繁育出了红獒，但多数后代仍为黑色或棕黄色。

毛色遗传还受多基因调控影响。除主效基因外，修饰基因会影响色素分布，可能导致毛色不均匀或出现杂毛。这与拉布拉多犬黑色基因显性强的情况类似，但藏獒的遗传体系更为复杂。若亲代携带隐性白色基因，理论上也可能出现极少量的白色斑块，但这在藏獒中极为罕见。

值得注意的是，同一窝幼犬可能出现不同毛色，这是减数分裂时基因随机分离与重组的结果。这种现象在所有犬种中都存在，印证了孟德尔遗传定律。因此专业繁育时，要追溯至少三代的血统基因型，才能更准确预测后代毛色。