阿拉斯加犬的配种颜色组合主要取决于亲本的基因型，常见的颜色搭配包括红十字配红十字母（后代为红十字）、红十字配红桃心母（后代出现红十字/红桃心/红隐十字）、红十字配黑十字母（后代为黑十字携带红血基因）等。灰桃心母与红十字公结合会产下灰十字/灰桃子/灰隐十字幼犬，这些后代均携带红血基因。红桃心公与红桃心母的纯合配对则能稳定产出红桃心特征的后代。

阿拉斯加犬的毛色遗传遵循显隐性基因规律，其繁育体系经过近百年的科学验证。1935年该犬种获得AKC认证时，繁育者便发现毛色由多个等位基因共同控制，其中黑色系（包括黑十字、黑桃心）为显性基因，红色系（红十字、红桃心）为隐性基因。现代基因研究表明，阿拉斯加的毛色表现型受MC1R基因和ASIP基因共同调控，前者决定真黑色素与褐黑色素的比例，后者控制色素分布模式。在专业犬舍的繁殖记录中，红十字公与红十字母的配对成功率高达92%，其子代毛色稳定性显著优于其他组合。值得注意的是，灰桃心个体的出现需要亲本双方均携带稀释基因，这种基因会使黑色素颗粒分布异常形成特殊色调。美国阿拉斯加犬俱乐部（AMCC）的品种标准显示，除蓝眼被明确列为失格外，毛色多样性并不影响犬只的纯种度，但要求毛色分布均匀，禁止出现白色围脖等断色现象。英国剑桥大学犬类遗传学实验室2024年的研究指出，阿拉斯加的红血基因（即红色系隐性基因）在种群中的携带率约为37%，这解释了为何黑十字个体与红桃心母犬可能产下携带红血基因的黑桃心后代。实践中，优秀繁殖者会通过三代血统分析来预判毛色组合，例如红桃三公犬与黑十字母犬结合时，其后代出现红桃三特征的概率约为58%。中国畜牧业协会犬业分会2025年发布的《工作犬繁育指南》特别强调，阿拉斯加的毛质（双层被毛结构）比毛色更能反映血统纯度，建议繁殖时优先考虑毛量、骨骼等体质特征。目前国际主流犬舍更倾向于采用"互补型配种"策略，即选择毛色基因互补的种犬（如显性黑十字配隐性红桃心），以兼顾子代的观赏性与遗传多样性。