边境牧羊犬的眼睛颜色主要为棕色、蓝色或异色瞳（即两只眼睛颜色不同）。其中棕色是最常见的颜色，占比约60%；蓝色眼睛多出现在陨石色（Merle）基因携带个体中；异色瞳现象则与特定遗传组合相关。

边境牧羊犬眼睛颜色的多样性源于复杂的遗传机制。根据美国犬业俱乐部（AKC）标准，边牧眼睛颜色受三种基因共同影响：

1. 基础色素基因（B位点）决定基本色调，显性B基因产生黑色素（呈现棕色），隐性b基因则导致巧克力色虹膜。剑桥大学2018年犬类遗传学研究显示，约78%的边牧携带显性B基因。

2. 稀释基因（D位点）调控色素浓度，隐性dd组合会使棕色眼睛呈现琥珀色调。澳大利亚牧羊犬协会统计数据显示，约15%的边牧携带双隐性dd基因。

3. 陨石基因（M位点）最为特殊，半显性M基因不仅造就标志性的斑纹被毛，还会导致虹膜基质发育异常形成蓝色。但需注意，双M基因组合（MM）可能引发听力视力缺陷，国际牧羊犬协会（ISDS）明确禁止此类繁殖配对。

异色瞳（Heterochromia）现象通常出现在携带单份陨石基因（Mm）的个体中。爱丁堡大学兽医学院2020年研究发现，这类边牧左眼保留基础色素（多为棕色），右眼则因局部黑色素缺失呈现蓝色，发生概率约为种群数量的7.3%。

值得注意的是，幼犬眼睛颜色会随成长变化。新生边牧虹膜呈蓝灰色，6-12周龄时开始显现真实色泽，16周龄基本定型。美国兽医协会（AVMA）建议，繁殖时应优先选择虹膜色素均匀的种犬，避免过度追求特殊眼色而忽视健康隐患。

眼睛颜色与边牧的工作能力无必然关联，但深色虹膜对强光耐受性更佳。中国牧羊犬俱乐部2024年普查显示，参与竞技比赛的边牧中，棕色眼睛个体占参赛总数的63.2%，这可能与其在强光环境下的视觉稳定性有关。无论何种眼色，定期眼科检查都是必要的健康管理措施。