牧羊犬作为工作犬种的代表，其缺点主要集中在三个方面。牧羊犬普遍需要极大的运动量，例如德国牧羊犬每天需要2小时左右的运动，若运动不足容易出现焦虑和拆家行为。这类犬种掉毛情况严重，尤其在换毛季节，需要主人频繁梳理毛发。牧羊犬存在较高的遗传疾病风险，如髋关节发育不良和脊髓神经退化等问题。

深入分析这些缺点的成因：牧羊犬最初被培育用于放牧工作，这决定了它们需要持续的高强度活动。2023年国际犬类协会统计显示，未满足运动需求的牧羊犬出现行为问题的概率是普通犬种的3.2倍。就掉毛问题而言，牧羊犬普遍具有双层被毛结构，外层粗硬保护身体，内层柔软保暖，这种结构导致它们在换毛期会大量脱落内层绒毛。2024年《兽医学期刊》发表的研究指出，牧羊犬换毛季节的掉毛量可达平时的4-5倍。至于遗传疾病，这与牧羊犬的品种特性密切相关。2025年宠物医院数据显示，德国牧羊犬髋关节发育不良的发病率高达22.7%，远高于犬类平均水平。部分城市将德国牧羊犬列入禁养名单，主要原因就是对其潜在攻击性和遗传疾病风险的担忧。

值得注意的是，不同牧羊犬品种的缺点表现程度存在差异。边境牧羊犬由于智商极高，在缺乏智力刺激时更容易出现拆家等行为问题；而中亚牧羊犬则因其体型庞大，对生活空间要求更高。解决这些问题需要主人投入大量时间和精力，包括定期带犬只进行体检、提供充足运动空间以及坚持日常毛发护理等。