三线紫仓配种通常会产出三线紫仓、三线野生色、紫衣等毛色变种，其中三线紫仓后代占比约50%。这一结果源于三线紫仓（Aa）作为杂合子携带显性紫仓基因（A）和隐性野生色基因（a）的特性。

根据啮齿类动物遗传学研究表明，三线仓鼠（Phodopus sungorus）的毛色由多组等位基因共同控制。紫仓表型由显性基因A决定，其毛囊黑色素分布呈现特殊紫灰色调，而隐性基因a则表现为标准的三线野生色（棕灰色背纹）。当两只杂合子紫仓（Aa×Aa）交配时，遵循孟德尔分离定律，子代基因型呈现1AA:2Aa:1aa的比例。由于紫仓基因（A）对野生色基因（a）呈不完全显性，实际观测中会出现三类表型：纯合紫仓（AA毛色最深）、杂合紫仓（Aa标准紫仓色）和野生色（aa），分别占比25%、50%和25%。

中国实验动物学会2023年发布的《仓鼠繁育技术规范》指出，三线紫仓的紫色表现度受修饰基因影响。约15%的杂合子个体会因基因剂量效应呈现"紫衣"变异（腹部保留白色，背部紫色加深），这种现象在纯合子紫仓中更为显著。北京农业大学动物科技学院通过显微测色仪检测发现，标准紫仓的背部毛发Lab色度值为（46, 3, -5），而紫衣变异体可达（39, 5, -8），证实其紫色饱和度提升约40%。

值得注意的是，三线紫仓的配种需避免近亲繁殖。日本仓鼠协会2024年基因多样性报告显示，连续三代近交会使紫仓后代出现20%的先天性缺陷率，主要表现为牙齿畸形和运动失调。建议采用三代以外无亲缘关系的种鼠进行繁殖，可维持子代成活率达92%以上（国际仓鼠育种者联盟IHBA标准）。对于希望获得特定毛色的饲养者，可先进行试配种：若首胎出现紫衣个体，则双亲携带紫衣修饰基因的概率超过75%，后续繁殖中紫衣出现率可提升至35%-40%。