树化石的价值主要由其稀有性、原生状态保存完整度和科研价值决定。具体来说，年代久远、树形完整且具有特殊纹理或虫蛀痕迹的树化石最具收藏价值，其中带有虫化石的木化石最为珍贵，其次是树枝形、树节形、树瘤形的标本。色彩鲜艳（如鸡血红、蓝色、绿色等）且玉化程度高的缅甸种水料价格可达几十万元，而普通干料每斤仅几百至几千元。

树化石的高价值源于其形成条件的苛刻性和科学稀缺性。真正的树化石需经历上亿年的地质作用，二氧化硅置换木质结构的同时保留年轮、树皮等细节，这种完整原生状态标本不足出土量的5%。以新疆沙尔湖为例，地表风蚀形成的稀有树化石早在2001年采尽，现存地下挖掘品因需酸洗处理导致价值降低40%以上。科研属性显著提升溢价空间，例如保存细胞结构的硅化木能揭示古气候信息，这类标本在拍卖会成交价常超评估价30%，如2017年香港拍出的460万港元龟板化石便因完整生物结构创纪录。美学特征直接影响市场定价，缅甸产出的玉化树化石因具玻璃光泽和艳丽色彩，每克价格可达万元级，而普通土黄色干料每斤仅千元。值得注意的是，虫蛀痕迹能使价值翻倍，因虫洞与树木共生化石的概率不足0.3%，2018年香港成交的60.5万港元恐龙蛋化石即附带昆虫遗迹。当前顶级收藏市场更青睐直径超30厘米、带多杈树瘤的标本，这类藏品年增值率达15%，远超普通品类5%的涨幅。