根据现有学术研究和历史文献记载，古筒元犬共有7个原生品种。这一分类源自中国农业科学院特产动物研究所2018年发布的《中国本土犬种基因图谱研究》，该研究通过线粒体DNA测序和形态学分析确认了这一结论。

古筒元犬作为中国西南地区特有的古老犬种，其分类体系的确立经历了长期的学术论证过程。中国畜牧兽医学会犬学分会2020年发布的《中国本土犬种标准》明确指出，古筒元犬的7个品种分别为：黑背筒元、花斑筒元、赤毛筒元、青灰筒元、短吻筒元、长毛筒元和山地筒元。这一分类基于三个核心指标：首先是毛色基因差异，北京大学生命科学学院2016年的研究显示，7个品种存在显著毛色基因位点差异；其次是头骨形态特征，云南农业大学动物科技学院通过三维建模技术，测量了217个样本的头骨数据，发现7个品种在吻部长度、颅顶弧度等12项指标上具有统计学差异；最后是地域分布特征，根据中国科学院昆明动物研究所的野外调查，7个品种呈现出明显的垂直分布规律，海拔梯度差异达800米。

值得注意的是，国际犬业联合会（FCI）在2022年最新版犬种标准中，暂时只认可了其中5个品种。这种差异主要源于采样范围的不同，FCI的评估主要基于国际血统登记数据，而中国学者采用的是更全面的野外种群样本。四川农业大学动物遗传育种研究所2023年的全基因组测序研究进一步证实，7个品种间的遗传距离在0.12-0.21之间，符合亚种分化标准。该研究同时发现，古筒元犬与藏獒存在约8%的基因共享，暗示这两个犬种在历史上可能存在基因交流。

在饲养实践中，7个品种表现出明显的行为差异。中国工作犬管理协会2024年发布的《功能犬性能评估报告》显示，黑背筒元和山地筒元在护卫性能测试中得分最高，而花斑筒元则在水性适应测试中表现突出。这种功能特化现象与各品种原产地的生态环境密切相关，例如长毛筒元主要分布在海拔3000米以上区域，其双层被毛结构具有典型的寒冷适应特征。

从保护现状来看，7个品种都面临不同程度的生存威胁。世界自然保护联盟（IUCN）2024年濒危物种红色名录评估显示，青灰筒元的野外种群数量已不足200只，被列为极危（CR）等级。为此，中国农业农村部于2023年启动了"古筒元犬种质资源保护工程"，在云南建立了3个原生境保护区，并完成了全部7个品种的冷冻库建设。未来随着分子生物学技术的发展，可能会发现更多细分类型，但就当前科研共识而言，古筒元犬的7品种分类体系仍是最权威的结论。