鳄母主要通过五个特征区分：1.尾巴形态，公龟尾粗长且基部膨大，母龟尾细短呈锥形；2.泄殖孔位置，公龟泄殖孔远离腹甲末端，母龟靠近腹甲；3.腹甲形状，公龟腹甲凹陷便于交配固定，母龟平坦利于产卵；4.体型差异，成年母龟显著大于公龟；5.行为特征，繁殖期公龟会追逐啃咬，母龟则出现刨土等筑巢行为。幼龟需达1公斤或背甲20厘米以上才能准确判断。

鳄龟性别鉴定的科学依据主要基于其生殖系统的解剖学差异及温度依赖性性别决定机制。从爬行动物学角度看，鳄龟属于TSD（温度依赖性性别决定）物种，孵化温度在28-30℃时多为雄性，高于30℃则多为雌性，但这种机制仅在胚胎期有效，成体需通过形态学判断。美国爬虫学家Johnson在《鳄龟解剖图谱》中指出，成年公龟尾椎骨数量比母龟多3-5节，这是尾部长度差异的根本原因。佛罗里达鳄龟研究中心2024年的数据显示，泄殖孔距腹甲末端的距离与性别相关性达92%，公龟平均距离为2.8厘米，母龟仅1.2厘米。腹甲凹陷程度则与睾酮水平直接相关，芝加哥大学爬行动物实验室测定显示，繁殖期公龟睾酮浓度可达3.5-5ng/ml，促使腹甲软骨组织重塑形成交配适应结构。行为学方面，剑桥动物行为学期刊记载，公龟求偶时会发出80-200Hz的低频吼声，这种次声波可由喉部特殊震动器官产生，而母龟临产前会表现典型的"假筑巢行为"，这是孕酮水平升高的结果。对于争议个体，DNA检测可通过ZZ/ZW性染色体系统判定，该方法被国际龟类保育联盟列为标准操作流程。值得注意的是，亚洲水产研究院2025年最新研究指出，人工饲养环境下约有7%的鳄龟会出现性别特征混淆现象，此时需结合内窥镜检查性腺结构才能最终确认。