区别一：科学分类
毛茛科和芍药科都属于被子植物门的双子叶植物纲，但是在分类上存在差异。毛茛科是一个比较大的科，包括许多属，如毛茛属、千金花属、黄药子属等；而芍药科只包括芍药属一个属。
区别二：植物特征
毛茛科的植物种类非常丰富，但它们具有一些共同的特征，如叶子基部有三片小蕾、花瓣倒卵形等。芍药科的植物也有一些共同的特征，如叶子羽状复叶、花瓣似玫瑰花等。毛芍药是两种科植物的交配而生的一个杂交种，它在植物特征上综合了毛茛科和芍药科的一些特点，如叶子基部有三片小蕾、花瓣倒卵形和花瓣似玫瑰花。
区别三：经济价值
毛茛科的植物中一些品种，如肉苁蓉、白芍、黄连等，具有较高的药用价值。芍药科的芍药也是一种常见的中药材。毛芍药作为毛茛科和芍药科的交配品种，在中医药中也有一些应用。
区别四：栽培习惯
毛茛科的植物中有不少是野生种，在栽培方面稍微有些困难。而芍药科的芍药，在栽培方面比较容易。毛芍药作为杂交品种，对于光照、土壤等环境因素的要求也比较特殊。
区别五：毛芍药的特点
毛芍药是毛茛科和芍药科的交配品种，具有和它们不同的一些特点。毛芍药的花瓣和芍药科的芍药相似，但是花瓣边缘有明显的卷曲；叶子基部有三片小蕾，同时叶子羽状复叶且更加茂密。毛芍药的株型相比于芍药属植物更加笔直，花期也会相对更长。
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